Строительство судов в Сибири отличалось одной важной особенностью. При слабой заселенности территории и неразвитой торговле, ограниченной по преимуществу снабжением администрации и гарнизонов, значительную долю судов приходилось строить для казенных надобностей. В 1684 г., например, верхотурскому воеводе было предписано построить для отправки хлеба и людей в Енисейск и Мангазею суда "крепки и удельны, чтобы в Тобольске к тем дощаникам никаких поделок и расходов не было".
О количестве строившихся в Сибири судов нет систематизированных данных, но известно, например, что в 1639 г. на Туре было построено 103 дощаника, 2 коча и 7 лодок.
В связи с постройкой судов необходимо отметить меры, принятые Петром I по предупреждению истребления лесов, особенно в приречных землях. Чтобы сохранить годный для судостроения лес, издаются указы, ограничивающие или запрещающие его рубки. В 1700 г. по государеву указу началась опись лесов к югу от Воронежа, а указом от 19 ноября 1703 г. предписывалось произвести опись лесов во всех городах и уездах "от больших рек в стороны по 50 верст, а от малых рек, которые в те большие реки впали по 20 верст". В этой заповедной зоне запрещалось рубить дуб, клен, вяз, лиственницу, сосну и другие ценные породы деревьев толщиной 12 вершков (53 см) и более. "А буде кто сему указу станет чинить противно: и на них за всякое срубленное дерево, кроме дуба, доправлено будет пени по 10 рублев. За дуб, буде, кто хотя одно дерево срубит также и за многую заповедных лесов посечку, учинена будет смертная казнь".
Для сохранения лесов по трассе Вышневолоцкой системы и особенно на ее водоразделе, которые в больших количествах вырубались для постройки судов, уже после Петра указом Сената в 1781 г. была введена выплата наградных денег за возврат порожних судов из Петербурга. Эмеры по предупреждению рубки судостроительной древесины, бесспорно, сыграли свою роль в сохранении лесов.