Важное значение для снабжения Якутска и промышленных очагов Якутии играют Лена и расположенный на ее пересечении с БАМом порт Осетрово.
Стержнем воднотранспортной системы является Единая глубоководная система европейской части России общей протяженностью 6,3 тыс. км. В нее входят глубоководные участки Волги (от Твери до Астрахани), Камы (от Соликамска до устья), Москвы-реки, Дона и межбассейновые глубоководные соединения - Московско-Волжское, Волго-Балтийское, Беломорско-Балтийское, Волго-Донское. Составляя лишь 6% от общей протяженности внутренних водных путей, данная система выполняет свыше 2/3 всей перевозочной работы речного транспорта страны. На водных путях Единой глубоководной системы обеспечиваются гарантированные глубины до 4-4,5 м.