В портах необходимо строительство очистных сооружений для приема и биологической очистки сточных вод. Исключение составляет Калининградский морской торговый порт, выполнивший в полном объеме требования IV приложения МАРПОЛ 73/78 по приему и очистке сточных вод с судов. В 1998 году в порту Калининград были проведены работы по модернизации станции биологической очистки сточных вод.
Учитывая, что деятельность морского порта может оказывать определенное воздействие на состояние окружающей среды (выбросы в атмосферу, сбросы в водные объекты, в морскую среду, образование отходов производства и потребления и тому подобное), разрабатывается комплекс организационно-экономических, технических и других мер по предупреждению загрязнения морской среды.
В основе этих мер лежит переход на принципы экологического управления в деятельности морского порта на основе международных стандартов ISO 14000, развитие платного природопользования, расширение международного сотрудничества в решении экологических проблем.
Речь идет о модернизации экологической инфраструктуры, улучшении системы водообеспечения, энергосбережения и безопасного обращения и создании системы безопасного обращения с отходами производства и потребления.
Проведенный анализ существующего состояния портовых приемных сооружений по обработке судовых отходов, применяемых на них технологий и техники показал, что большинство их не удовлетворяют требованиям МАРПОЛ 73/78 по адекватности, то есть предоставлению всех видов услуг без необоснованной задержки судов. Большинство портов могут принимать в ограниченных количествах нефтяные отходы, сточные воды и мусор.
Концепция охраны окружающей среды в порту должна базироваться на специфических условиях. Она должна базироваться на следующем условии: все вредные отходы должны быть или уничтожены, или утилизированы, или использованы вторично.
Наиболее оптимальным путем обеспечения предотвращения загрязнения окружающей среды от эксплуатационных загрязнений является разработка «Плана управления сбором и переработкой отходов в порту», который рекомендован Хелком (Хельсинской Комиссии по защите Балтийского моря от загрязнения) и, вероятно, будет в ближайшие годы требоваться МАРПОЛ 73/78. План позволяет не только выяснить ситуацию с отходами в порту, но и обеспечить разработку мероприятий по приведению портов в соответствие с требованиями международных Конвенций.