Погрузочно-разгрузочные работы с опасными грузами, их транспортировка, хранение должны осуществляться в соответстии с требованиями «Правил морской перевозки опасных грузов» (МОПОГ), «Правил перевозки грузов в портах Минречфлота РФ.
Перегрузка нефтепродуктов разрешается только при наличии разрешения специально уполномоченных на то государственных органов Российской Федерации в области охраны окружающей природной среды. На ответственности производителя работ и за его счет обязательная установка боновых заграждений и обеспечение дежурства нефтемусоросборщика на время перекачки нефтепродуктов.
Судно, поставленное на зимовку в порту, полностью должно отвечать природоохранным требованиям. Ответственность за экологическую безопасность возлагается на капитана судна и судовладельца.
Учитывая особую чувствительность акватории Балтийского моря, все суда обязаны перед выходом из порта сдать на приемные портовые сооружения судовые отходы и остатки груза, которые запрещено сбрасывать в рамках Международной конвенции по предотвращению загрязнения моря с судов 1973 года, измененной протоколом к ней 1978 года (далее - МАРПОЛ 73/78).
Наличие на судне справки о сдаче судовых отходов на приемные портовые сооружения является обязательным условием для получения разрешения на выход судна из порта.